[MetaGenoPolis] Orchestration dans l'analyse du microbiote

Machine Learning & Orchestration sur site et sur le cloud

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A propos de MetaGenoPolis

MetaGenoPolis (MGP) est un centre de l’INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec l’industrie, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, la nutrition et la santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la préparation de bibliothèques, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données.

Un profilage précis grâce à l’analyse du microbiome à haute résolution

Big Data and IT architecture for data analytics

Pipeline de métagénomique intégrée avec une analyse exhaustive au niveau des souches :

  • Conformité, conservation et qualité des échantillons dans le temps
  • Extraction automatisée et reproductible de l’ADN avec les normes internationales du microbiome humain (IHMS)
  • Séquençage du génome entier (qualité, profondeur, vitesse)
  • Accès et sécurité des données de grande taille
  • Analyse de données importantes avec intégration de données multi-OMICS

Les bioinformaticiens de MetaGenoPolis apportent l’intelligence artificielle dans le microbiome permettant de l’utiliser, par exemple, comme outil de diagnostic dans la cirrhose du foie, ou dans la modélisation de la prédiction de l’obésité basée sur le micobiote.

Projet Million Microbiome of Humans (MMHP)

MetaGenoPolis vise à promouvoir la connaissance du microbiome dans le monde entier. En octobre 2019, le projet “Million Microbiome of Humans” a été lancé lors de la 14ème Conférence Internationale sur la Génomique. Les principaux objectifs du projet sont les suivants:

  • analyser 1 million d’échantillons microbiens provenant des intestins, de la bouche, de la peau, de l’appareil reproducteur…
  • dresser une carte du microbiome du corps humain
  • construire la plus grande base de données du monde sur le microbiome humain servant de fondation pour la recherche sur le microbiome
  • explorer le potentiel du microbiome pour aider les gens à vivre mieux

MetaGenoPolis participe au projet MMHP en apportant 100 000 métagénomes intestinaux français.

Workflows de métagénomique quantitative déployés avec ProActive d’Activeeon

ProActive d’Activeeon aide MetaGenoPolis à distribuer les charges de travail dans un pool de ressources dynamique et élastique (cloud bursting) en utilisant des workflows multilingues. ProActive Workflows & Scheduling offre une visualisation riche à travers différents portails:

  • Automation Dashboard
  • AI Studio & Data Connectors
  • Job Analytics
  • Gantt visualization

ProActive offre des services d’interface graphique définis par l’utilisateur, tels que Tensorboard, ainsi que l’intégration de Python et Jupyter.

Pour voir le cas d’utilisation et le workflow du pipeline métagénomique, téléchargez la présentation complète de l’étude de cas.

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